A l'issue des échanges, le Nikkei des 225 valeurs vedettes a cédé 125,77 points à 18.426,84 points.
L'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a abandonné 0,76% (-11,23 points) à 1.468,31 points.
La journée a été moyennement active, avec 1,96 milliard de titres échangés sur le premier marché.
Le dollar est tombé temporairement sous les 109 yens jeudi matin, pour la première fois en 5 mois, contre 109,50 yens la veille à la fermeture de la place tokyoïte.
L'euro est quant à lui finalement remonté à 116,30 yens (contre 116,20 yens mercredi) après être descendu plus bas en début de journée.
Dans un entretien accordé au Wall Street Journal, le président des Etats-Unis a entre autres réaffirmé que le niveau du dollar était, selon lui, trop élevé, et qu'il pénalisait les entreprises américaines.
"Je pense que notre dollar devient trop fort et c'est en partie de ma faute parce que les gens ont confiance en moi", a déclaré M. Trump, ajoutant qu'il était "compliqué de rivaliser" avec les entreprises étrangères.
Ces propos ont incité les acteurs du marché à racheter des yens, valeur refuge dont la montée, déjà encouragée par les risques géopolitiques relatifs à la Syrie ou Corée du Nord, nuit à la compétitivité des entreprises japonaises et amoindrit dans leurs bilans comptables leurs ventes et profits encaissés à l'étranger.
"Avec un dollar précipité sous les 109 yens, les donneurs d'ordres essaient de voir jusqu'où cela peut descendre", a commenté pour l'agence Bloomberg Juichi Wako de Nomura Holdings.
Sur les 225 composantes du Nikkei, les 4 cinquièmes ont baissé.
- Toshiba et Aeon décrochent -
Les secteurs de l'automobile et des technologies qui sont les plus en vue hors du Japon ont cependant assez bien résisté à cette montée du yen.
Le numéro un des véhicules Toyota a certes perdu 1,16% à 5.731 yens mais Honda a gagné 0,13% à 3.135 yens et Nissan 0,15% à 1.010,50 yens.
Du côté de l'électronique, Sony a glissé de 0,35% à 3.446 yens, Sharp de 0,26% à 378 yens, Kyocera de 1,02% à 5.893 yens et Panasonic de 1,36% à 1.228,50 yens.
Ont plus souffert les banques: Mitsubishi UFJ Financial Group a dévissé de 1,36% à 654,70 yens, Mizuho de 1,45% à 190 yens et Sumitomo Mitsui Financial Group de 0,73% à 3.828 yens.
Comme fréquemment ces derniers mois, Toshiba s'est distingué par une notable chute de 5% à 210,1 yens, alors que les actionnaires attendent d'en savoir plus sur la vente de l'activité de mémoires, un sacrifice nécessaire pour renflouer les caisses.
La presse a rapporté jeudi matin que l'américain Western Digital (qui coiffe SanDisk, partenaire historique de Toshiba dans ce domaine) réclamait des négociations exclusives pour l'acquisition de la filiale du groupe japonais. SanDisk a investi des moyens importants dans le développement de puces fabriquées dans des usines conjointes au Japon et Western Digital refuse de voir partir le savoir-faire et les installations dans les mains d'un tiers.
De nombreux acteurs du secteur lorgnent sur la division de mémoires de Toshiba, deuxième fournisseur mondial de ces puces de stockage de données pour appareils numériques derrière le sud-coréen Samsung.
Les acteurs du marché ont par ailleurs été déçus par les résultats de l'année comptable passée (mars 2017 à février 2017) du groupe de distribution Aeon: le titre a perdu 4,41% à 1.591,5 yens. Les investisseurs attendaient manifestement des prévisions plus optimistes pour l'exercice en cours.
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