A l'issue des échanges, le Nikkei des 225 valeurs vedettes a cédé 1,13% (-271,29 points) à 23.669,49 points, et l'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a perdu 0,88% (-16,67 points) à 1.884,56 points.
Sur le volet des changes, le dollar, redescendu mercredi sous la barre des 110 yens pour la première fois depuis septembre, fléchissait encore, un mouvement défavorable aux titres des sociétés exportatrices japonaises: il valait 108,86 yens à la clôture de la place tokyoïte, contre 109,93 yens la veille.
L'euro était quant à lui stable, autour de 135,50 yens.
"Les pressions à la vente se sont accrues aujourd'hui, les investisseurs étant préoccupés par l'impact d'un yen fort sur les résultats d'entreprises", a déclaré à l'AFP Hikaru Sato, analyste chez Daiwa Securities.
Le secrétaire au Trésor Steven Mnuchin a indiqué mercredi qu'un "dollar plus faible" était bon pour les Etats-Unis puisqu'il favorisait le commerce extérieur américain, des mots qui ont entraîné une forte dépréciation de la monnaie américaine.
Déjà affaibli depuis mardi, après que les Etats-Unis ont pris des mesures pour imposer des taxes douanières visant des produits importés de Chine et de la Corée du Sud, le dollar s'est dévalué encore plus avec les commentaires de M. Mnuchin.
Ces derniers ont été largement interprétés comme le feu vert donné par Washington pour laisser le dollar baisser afin de rendre les exportations américaines plus avantageuses.
Selon un scénario normal, "le yen devrait être moins cher dans la mesure où la Fed continue de relever ses taux directeurs tandis que la Banque du Japon maintient sa politique monétaire ultra-accommodante inchangée", a déclaré Masayuki Kubota, stratégiste en chef de Rakuten Securities, dans une note.
"Cependant, si le président américain Trump fait des commentaires et critique un yen moins cher, la dépréciation de la monnaie nippone pourrait s'arrêter", a déclaré M. Kubota, relevant que les taux de changes ont souvent été affectés par des facteurs politiques, dont notamment les commentaires de Donald Trump.
Un yen fort pénalise les profits des exportateurs quand ils sont rapatriés, et fait souvent dégringoler les marchés boursiers à Tokyo.
Toyota a cédé 1,02% à 7.594 yens, Sony a lâché 3,54% à 5.249 yens et Nintendo a perdu 1,78% à 47.770 yens.
Les banques étaient également en repli après la décision prise cette semaine par la Banque du Japon de maintenir sa politique monétaire.
Mitsubishi UFJ s'est replié de 1,70% à 853,3 yens et sa rivale Sumitomo Mitsui Financial a reculé de 1,19% à 5.146 yens.
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