Le Nikkei des 225 valeurs vedettes a cédé 1,32% (-256,58 points) à la clôture, à 19.145,14 points.
L'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a pour sa part reculé de 1,20% (-18,41 points) à 1.518,39 points.
Désertée en cette période de fêtes, la place a connu un regain d'activité jeudi, avec 2,2 milliards de titres échangés sur le premier marché.
Du côté des monnaies, le dollar descendait, à 116,70 yens, contre 117,50 yens mercredi à la fermeture de la place tokyoïte. L'euro valait autour de 122,10 yens, contre 123,20 yens. Ce renforcement du yen incite les investisseurs à se défaire de titres exportateurs.
"L'embellie du marché, soutenu par les attentes à l'approche d'une présidence Trump, touche à sa fin, et nous commençons à revenir à la réalité", a commenté pour l'agence Bloomberg News Mitsushige Akino, chez Ichiyoshi Investment Management.
Sur le front des valeurs, Toshiba a accusé la plus forte dégringolade du Nikkei (-16,97% à 258,7 yens), après avoir déjà abandonné quelque 30% au cours des deux précédentes séances, une débâcle qui a anéanti quasiment tous ses gains de l'année.
Le conglomérat industriel avait annoncé mardi craindre de devoir enregistrer une dépréciation d'actifs de "plusieurs milliards de dollars" sur son activité nucléaire américaine et a vu mercredi ses notes dégradées par les grandes agences de notation Standard & Poor's et Moody's.
- Takata s'envole de 16% -
A l'inverse, l'équipementier automobile Takata - qui ne fait pas partie du Nikkei - a bondi de 16,47% à 707 yens, à la suite d'informations sur un possible accord avec la justice américaine pour clore les poursuites pénales dans l'affaire de ses airbags défectueux.
Une annonce devrait intervenir début 2017, probablement avant l'investiture du président élu américain Donald Trump, ont indiqué mercredi à l'AFP des sources proches du dossier, l'une d'elles évoquant une pénalité financière de l'ordre du milliard de dollars.
D'autres médias ont donné les mêmes informations largement reprises au Japon et qui n'ont pas échappé à l'attention des investisseurs, même si elles n'ont pas été confirmées officiellement.
Le montant avancé "n'est pas insurmontable pour Takata, surtout si la compagnie peut le régler en plusieurs années", a estimé Nobuyuki Fujimoto, analyste chez SBI Securities, cité par Bloomberg. "Les investisseurs se disent que Takata pourrait peut-être s'en sortir finalement".
En outre, cet accord permettrait de faciliter la tâche de Takata dans sa recherche d'un investisseur extérieur pour orchestrer sa restructuration.
Toujours dans le secteur automobile, Toyota a lâché 1,89% à 6.838 yens et Nissan 1,41% à 1.180,5 yens. Même tendance négative du côté d'un autre titre vedette, Sony (-1,16% à 3.299 yens).
Dans les radars aussi, l'agence de publicité Dentsu a perdu 0,36% à 5.520 yens. Les donneurs d'ordres n'ont guère été émus par la décision du patron de démissionner, en réaction à l'annonce de poursuites judiciaires contre le groupe après le suicide d'une salariée, une mort attribuée au surmenage.
Egalement dans l'actualité, le pionnier japonais des télécommunications mobiles, NTT Docomo, qui a bouclé un plan massif de rachat d'actions voté en janvier, a fléchi de 0,18% à 2.665,5 yens.
Enfin, Renesas, fabricant de puces (notamment pour automobiles), a vu son titre décrocher de 5,13% à 923 yens. Il a indiqué qu'un de ses sites avait été affecté par un fort séisme, survenu mercredi soir au nord-est de Tokyo.
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