A l'issue des échanges, le Nikkei des 225 valeurs vedettes a cédé 1,88% (-308,34 points) à 16.083,11 points. Il avait déjà lâché 1,47% mardi.
L'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a pour sa part reculé de 2,17% (-28,22 points) à 1.271,98 points.
La séance a été plutôt active, avec 2,24 milliards de titres échangés sur le premier marché.
Du côté des changes, le dollar fléchissait nettement par rapport à son cours de la veille à la fermeture du marché, à 100,97 yens, de même que l'euro qui valait 113,20 yens.
"Une certaine aversion au risque domine sur les marchés", a commenté pour l'agence Bloomberg Chihiro Ohta, analyste chez SMBC Nikko Securities. "Au Japon, de nombreuses compagnies, en particulier dans le secteur automobile, sont affectées par les fluctuations de devises, le raffermissement du yen pèse sur leurs résultats financiers", a-t-il rappelé.
L'annonce mardi par le gouvernement des détails d'un massif plan de relance a été accueillie avec scepticisme. Sur un montant total de 28.000 milliards de yens (240 milliards d'euros), seulement un quart correspond à de nouvelles dépenses. Pas de quoi ranimer une économie atone selon des analystes.
La place tokyoïte a en outre été affectée par une humeur générale morose sur les marchés: les Bourses européennes et Wall Street avaient terminé dans le rouge mardi, en raison d'inquiétudes sur le secteur bancaire et de la chute persistante des cours pétroliers.
Les résultats de Honda salués
Sur le front des valeurs, les mégabanques ont fortement décliné après avoir déjà dégringolé la veille, sur des craintes d'abaissement des taux négatifs par la Banque du Japon (BoJ) pour tenter d'enrayer le regain du yen, selon des courtiers.
Mitsubishi UFJ Financial Group a dévissé de 3,90% à 492,3 yens, Mizuho a lâché 3,31% à 160,3 yens et Sumitomo Mitsui Financial Group 4,28% à 3.149 yens.
Dans l'industrie automobile, Toyota a perdu 1,87% à 5.589 yens et Nissan 3,01% à 970,3 yens. Honda en revanche tirait son épingle du jeu (+3,82% à 2.865 yens) grâce à des résultats trimestriels supérieurs aux attentes, tout comme l'opérateur télécoms KDDI (+3,83% à 3.278 yens). A l'inverse, Casio, emblématique fabricant de calculatrices scientifiques, montres et appareils photo, a signé la plus forte chute du Nikkei (-13,96% à 1.238 yens) du fait d'une performance financière jugée médiocre.
Du côté des autres mouvements notables, le groupe pétrolier Idemitsu Kosan a diminué de 3,87% après l'annonce par la famille fondatrice de l'acquisition de 400.000 actions de son rival Showa Shell Sekiyu, dans la volonté de bloquer un projet de regroupement entre les deux groupes. Showa Shell a avancé de 3,75% à 939 yens.
Par ailleurs, la chaîne de "konbini" (supérettes multiservices) FamilyMart a vu son titre s'envoler de 10,97% à 7.080 yens. Le groupe va faire son entrée dans l'indice vedette Nikkei à la suite de sa fusion avec le groupe de distribution Uny Group Holdings (+10,94% à 973 yens).
FamilyMart sera l'entité qui survivra et qui va de facto absorber Uny Group Holdings dont l'action cessera d'être cotée le 29 août 2016.
Sera à surveiller jeudi à l'ouverture la compagnie aérienne ANA Holdings qui a fait état mercredi après la clôture d'une chute de 21% de son bénéfice net au premier trimestre 2016/17, citant notamment l'impact sur les destinations vers l'Europe des risques "terroristes".
Les entreprises Asahi (boissons), Suzuki (automobiles et deux-roues) et Olympus (appareils photo et endoscopes) présentaient aussi leurs comptes dans l'après-midi.
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