Le Nikkei des 225 valeurs vedettes a cédé 1% (-160,18 points) à l'issue des échanges, à 15.859 points, tombant sous la barre des 16.000 points pour la première fois depuis le 12 avril. Il avait chuté de 3,5% lundi.
L'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a pour sa part reculé de 0,98% (-12,61 points) à 1.271,93 points.
Sur le volet des changes, le dollar s'affichait au même moment à 105,92 yens, plus bas que la veille à la clôture, tandis que l'euro se redressait à 119,59 yens. La devise nippone sert de valeur refuge.
Le risque d'une sortie du Royaume-Uni de l'Union européenne, sur laquelle les électeurs britanniques sont amenés à se prononcer le 23 juin, a de nouveau plané sur la séance, la quatrième négative d'affilée.
"Les craintes d'un Brexit viennent s'ajouter à une situation déjà peu propice à la prise de risques, alors que nous attendons les réunions des banques centrales aux Etats-Unis et au Japon", a commenté pour l'agence Bloomberg Takashi Ito, analyste chez Nomura Securities.
Dans ce contexte, les marchés financiers ont entamé la semaine dans le rouge, de Paris à Wall Street, renouant avec les affres connues en début d'année.
Le comité de politique monétaire de la Réserve fédérale américaine (Fed) se réunit mardi et mercredi, puis ce sera au tour de la Banque du Japon (BoJ) de rendre son verdict jeudi. Si les courtiers prédisent un statu quo de la Fed, une incertitude demeure quant à la BoJ, près de 28% des 40 économistes interrogés par Bloomberg News misant sur un assouplissement de la politique monétaire japonaise.
- Le secteur de la santé en petite forme -
Sur le front des valeurs, les établissements bancaires ont accusé le coup à l'instar de Mitsubishi UFJ Financial Group (-2,17% à 493,7 yens), Mizuho (-1,26% à 156,5 yens) et Sumitomo Mitsui (-2,02% à 3.090 yens).
Idem pour les compagnies du secteur médical: la société de biotechnologie Sosei a lâché 17,30% à 16.290 yens, tandis que la start-up de robots-assistants musculaires Cyberdyne abandonnait 7,07% à 2.313 yens.
L'action Fast Retailing, maison mère de la marque Uniqlo, a elle aussi nettement fléchi (-2,49% à 28.330 yens). Elle n'a visiblement pas profité d'informations du quotidien économique Nikkei selon lesquelles le groupe doperait son service de vente en ligne en généralisant cet automne à tout le pays la livraison le lendemain des articles commandés en ligne, contre un délai actuel de deux à cinq jours.
Dans le secteur automobile, la couleur rouge a dominé.
Le titre du fabricant de ceintures et coussins de sécurité Takata a décliné de 0,74% à 400 yens. Le groupe, en proie à un scandale d'airbags viciés, est en train de se défaire d'actions détenues dans plusieurs constructeurs d'automobiles japonais, dont Honda (-1,38% à 2.737,5 yens), Nissan (-0,41% à 1.004 yens) et Toyota (-0,64% à 5.393 yens).
Mitsubishi Motors, toujours pas remis d'une affaire de fraude, a chuté plus lourdement que ses rivaux (-2,65% à 514 yens).
A rebours du marché, Sony a gagné 0,37% à 2.941 yens après avoir annoncé, à l'occasion du salon annuel Electronic Entertainment Expo (E3) de Los Angeles, le lancement de son très attendu casque de réalité virtuelle en octobre. Il a aussi présenté de nouveaux jeux exclusifs pour sa console PlayStation 4.
NTT s'est également distingué par un gain de 0,57% à 4.555 yens. Le géant japonais des télécommunications a procédé mardi matin au rachat de 267,3 milliards de yens (2,2 milliards d'euros) de ses propres actions.
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