A l'issue des échanges, l'indice Nikkei des 225 valeurs vedettes a lâché 259,63 points à 16.486,01 points.
L'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a lui aussi perdu 1,55% (-20,34 points) à 1.290,79 points.
La séance a été encore assez peu active, avec 1,87 milliard de titres échangés sur le premier marché.
Sur le volet des changes, le dollar a oscillé entre 99,60 et 100,30 yens durant les horaires d'ouverture de la place tokyoïte pour s'afficher à 99,84 yens à la fermeture, un niveau peu satisfaisant pour les investisseurs qui craignent une baisse des bénéfices des entreprises exportatrices. L'euro est de même retombé, à 112,95 yens, soit un repli d'environ 0,80 yen.
Comme à Wall Street mercredi, la publication du compte-rendu de la plus récente réunion de politique monétaire de la banque centrale américaine a joué sur les décisions des investisseurs qui s'interrogent sur le calendrier de resserrement de sa politique monétaire.
Or, les responsables de la Fed se contentent pour l'heure de laisser toutes les "options ouvertes", ce qui rend très prudents les donneurs d'ordres et tend à faire baisser le dollar.
L'annonce d'un excédent commercial japonais meilleur que prévu en juillet n'a pas beaucoup aidé, car les exportations ont chuté de 14% en valeur sur un an, du fait justement de l'appréciation du yen.
Baisse quasi généralisée
Sur les 225 composantes du Nikkei, 197 ont décliné.
Les valeurs pétrolières, qui avaient nettement progressées mercredi, sont retombées: JX Holdings a lâché 1,92% à 382,4 yens et Inpex 0,44% à 887,6 yens.
Du côté des traditionnelles actions vedettes, le constructeur d'automobiles Toyota a reperdu 1,76% à 5.900 yens, Nissan 2,56% à 961,10 yens et Honda Motor 1,34% à 2.987,50 yens.
L'électronicien Sony a remonté de 0,52% à 3.270 yens, car il a réussi à retourner à son avantage le renforcement du yen, en modifiant son modèle d'approvisionnement et prenant diverses mesures contre les variations de la monnaie nippone face au dollar.
Sharp, dont le titre avait gagné près de 60% en quatre séances, a rétrocédé 7,09% à 131 yens, et ce même si l'agence de notation Standard & Poor's a relevé jeudi d'un cran sa note à B- en se montrant confiante dans le soutien financier et opérationnel dont peut bénéficier le spécialiste japonais des écrans à cristaux liquides (LCD) de la part de son nouveau principal actionnaire qu'est le géant taïwanais Hon Hai/Foxconn.
L'action de la compagnie d'électricité Tokyo Electric Power a abandonné 4,17% à 345 yens. Le quotidien japonais Nikkei a affirmé qu'elle négociait le rachat de l'activité de commerce de charbon du groupe français EDF via une entreprise appelée Jera détenue avec une autre compagnie nippone, Chubu Electric Power, qui alimente le centre du Japon.
A noter également le recul de 4,61% à 6.455 yens de l'action du géant des télécoms SoftBank après la fin de son programme de rachat de ses propres actions.
Les titres des deux autres opérateurs KDDI et NTT ont aussi dévissé, le premier de 2,92% à 4.691 yens et le second de 2,19% à 3.170 yens.
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