A l'issue des transactions, le Nikkei des 225 valeurs vedettes a perdu 27,38 points à 22.586,87 points.
L'indice élargi Topix de tous les titres du premier tableau a pour sa part passé toute la journée en territoire positif et a fini sur un gain de 0,70% (+12,30 points) à 1.765,78 points.
Sur le volet des changes, le dollar valait au moment de la fermeture 110,70 yens, contre 111,20 yens mercredi soir à Tokyo, et l'euro se monnayait autour de 129,90 yens, pour ainsi dire inchangé.
"Le Nikkei est à la traîne en raison de la prudence engendrée par la réunion (la semaine prochaine) de la Banque du Japon", mais d'une façon générale le marché n'est pas si pessimiste, a expliqué à l'AFP Makoto Sengoku, analyste de Tokai Tokyo Research Institute.
D'après les médias, les membres du comité de politique monétaire de la banque centrale pourraient apporter quelques modifications concernant les achats d'actifs de l'institut d'émission, dans le cadre de sa politique ultra-accommodante dont la sortie est encore loin d'être annoncée.
Si ce facteur a fait vendre quelques actions, l'annonce d'un apaisement dans les tensions commerciales entre les États-Unis et l'Union européenne (UE) a au contraire joué dans le bon sens.
Le président américain Donald Trump et le chef de l'exécutif européen Jean-Claude Juncker ont désamorcé mercredi la crise née des tarifs douaniers imposés par les Etats-Unis, annonçant une série de décisions dans l'agriculture, l'industrie et l'énergie dont la portée exacte reste cependant à confirmer.
"Cela signifie que leurs frictions commerciales ne s'amplifieront pas", a estimé M. Sengoku.
Du côté des valeurs, dans le secteur sensible de l'automobile, Toyota a progressé de 0,83% à 7.384 yens, et Nissan, qui annoncera ses résultats plus tard dans la journée, a pris 0,38% à 1.039 yens.
Le laboratoire pharmaceutique Eisai a dévissé de 10% après avoir publié des évaluations de tests cliniques d'un traitement contre la maladie d'Alzheimer. Les investisseurs espéraient mieux.
La chute du Nikkei est aussi en partie due au recul de 1,82% de l'action de Fast Retailing (maison-mère de la marque de vêtement Uniqlo) qui pèse lourd dans la cote en raison de son cours élevé (48.520 yens jeudi en clôture).
A l'inverse, la société d'équipements de tests pour les semi-conducteurs Advantest s'est offert la plus belle progression des valeurs du Nikkei avec un gain de 6,28%.
Toujours dans l'électronique, Sony a pris 0,50% à 5.945 yens et Panasonic 1,62% à 1.435 yens.
Le groupe de bureautique et photo Canon a grignoté 0,42% à 3.575 yens, avant d'annoncer à la fermeture ses résultats et prévisions mitigés du premier semestre 2018.
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